LEPSA obtuvo la certificación ISO 9001 en el año 2010, luego de una rigurosa y estricta revisión de los procedimientos, seguimientos de los procesos y mediciones de los indicadores de gestión. Desde entonces, ha mantenido el sistema de gestión de calidad, a través de auditorías internas periódicas, así como externas de validación de la certificación cada año y de recertificación cada cuatro años. Asimismo, ha estandarizado el sistema de gestión de seguridad industrial y salud ocupacional, sistema de gestión ambiental y sistema de gestión anti-soborno en base a las normas internacionales ISO 45001, 14001 y 37001 respectivamente, así como incorporado los controles especiales generados por las condiciones de la pandemia del COVID-19. Finalmente, en marzo del 2022, LEPSA obtuvo la certificación del Sistema Integrado de Gestión (SIG) en base a las normas ISO 9001 (QA-QC), 45001 (SSO), 14001 (ambiental) y 37001 (antisoborno), emitido por la empresa certificadora internacional LL-C (Certification), con registro No. 512194.